O Sistema Etapa adotado pelo Instituto Educacional São José, criou e vem adotando, com exclusividade, o ensino em Espiral Crescente. Esse método distribui os conteúdos à medida que as séries avançam. Dentro de uma linha de coerência, ele permite que o aluno retome conceitos de forma atualizada e comparativa.

O benefício do ensino em espiral crescente é a garantia de sedimentação do conhecimento.

O Instituto trabalha com o Sistema ETAPA com materiais e conteúdos para os alunos de todas as séries do Ensino Fundamental II.

Através de um material moderno e atualizado, as disciplinas são distribuídas ao longo de oito volumes anuais com capítulos cuidadosamente organizados e ilustrados de modo a estimular interesse. Por meio de textos, fotos, desenhos, mapas, gráficos, infográficos, exercícios resolvidos e textos complementares, a teoria é exposta de forma envolvente e cativante.

Nesta fase o aluno tem um contato prévio com uma série de assuntos que serão desenvolvidos com maior profundidade no Ensino Médio. Considerando a construção da melhor base para esse avanço, a prática educacional é realizada pelo método da Espiral Crescente, em que os conceitos são distribuídos pelas séries e retomados constantemente, possibilitando o aprendizado mais completo e aberto. É dada a continuidade do ensino da Geometria (iniciado no Fundamental I, com o nome de Complementos de Matemática) e os alunos estudam Química, Física e Biologia separadamente. Essas três disciplinas contam ainda com atividades de laboratório – acompanhadas por apostila específica – em que são aplicados os conhecimentos adquiridos em sala de aula de modo prático e dinâmico.